下記のような原因が考えられます。

異なるXServerアカウントで管理が行われている

複数のXServerアカウントをお持ちの場合、各アカウントにてご確認ください。
ログイン情報がご不明な場合、以下の質問をご参照ください。

参考：XServerアカウントIDがわかりません。
参考：XServerアカウントのパスワードを忘れてしまいました。

ドメインが既に失効している
（.jpドメインの場合、ご利用期限間近の場合もXServerアカウントより表示が削除されます）

XServerでドメインをご取得いただいた場合、更新期限に先駆けて、以下のような件名でメールをお送りしています。メール内の「利用期限日」をご確認ください。

【XServerドメイン】■重要■ドメイン更新期限に関するお知らせ

また失効してしまった場合、利用期限日からの経過日数によって、その後の対応が異なります。
マニュアル「失効ドメイン復旧」をご確認の上、ご対応くださいませ。

上記対応にて解決されない場合は、該当のアカウント名をお書き添えの上、サポートまでお問い合わせください。